1955年10月 ，朱兆祥受陈毅副总理之命
，作为中国科学院代表专程赴深圳负责欢迎在美国受到拘留、软禁等长期迫害的著名科学家钱学森一家回国。对于这一历史性事件，香港报刊上曾刊登过钱学森一家踏上罗湖桥的广为人知的照片 ，而在桥头另一侧紧紧握住钱学森的手 、代表祖国向他表示热烈欢迎的正是当时在国外尚鲜为人知的朱兆祥 。接着
，朱兆祥陪同钱学森考察全国南北10来个城市的工厂
、大学和科研机构，并帮助他筹建中国科学院力学研究所。

1956年1月以钱学森为所长的力学研究所的诞生 ，以及1957年以钱学森为理事长的中国力学学会的成立
，标志着我国力学事业的发展进入了一个新阶段
。力学研究所成立伊始就开拓性地设立了弹性力学、塑性力学 、流体力学
、化学流体力学、物理力学 、自动控制和运筹学等研究室，不少研究方向当时不仅在国内是个空白 ，在国际上也是最新的前沿研究。朱兆祥一方面作为研究所的学术秘书，从学术管理工作方面协助钱学森开拓新学科；另一方面作为党组织的负责人之一
，从贯彻党的知识分子政策和科研路线方面，以及从网罗人才、组织队伍
、兴建新楼、制定规划等行政管理方面协助钱学森在短短的一二年时间内就把力学研究所建设得生气勃勃 。甚至后来在遭受沉重的政治打击的情况下 ，他还受命于中